VVG valdymą ir jo sistemą reglamentuoja įstatai. Vietos veiklos grupės valdyme išskiriamos trys pakopos:

• vietos veiklos grupės narių visuotinis susirinkimas;
• vietos veiklos grupės valdyba;
• vietos veiklos grupės pirmininkas.

Įstatuose tuo pačiu apibrėžiamos kiekvieno valdymo organo funkcijos ir veiklos ribos. Aukščiausias VVG valdymo organas yra visuotinis narių susirinkimas, kuris renka valdybą, valdybos pirmininką ir apibrėžia jų veiklos sritis ir atskaitomybę.

Joniškio rajono VVG jungia 24 žmones. Dvylika atstovauja socialinių ekonominių partnerių bei asociacijų interesus, šeši - verslą, šeši - vietos valdžios struktūras. Joniškio VVG valdyba išrinkta iš aštuonių asmenų.

VVG narių ir valdybos sudėtyje išlaikytos proporcijos atitinka partnerystės principams keliamus reikalavimus. Socialiniai ekonominiai partneriai bei asociacijos sudaro 50 proc., verslininkai ir vietos valdžios atstovai po 25 proc., užtikrina pagrindinį VVG keliamą reikalavimą - partnerystės principo išlaikymą.

VVG sudėtyje yra 14 moterų, 10 vyrų. Moterys sudaro 58 proc., vyrai - 42 proc. Valdyboje 5 vyrai ir 3 moterys.

VVG apima vientisą geografiniu, ekonominiu ir administraciniu požiūriu visą Joniškio rajono savivaldybės kaimo gyvenamąją teritoriją. Kaimo gyvenamoji vietovė užima 93,9 proc. bendro rajono savivaldybės teritorijos ploto. Kaimo gyventojai bendrame rajono savivaldybės gyventojų skaičiuje sudaro 57,3 proc., tai žymiai daugiau nei vidutiniškai šalyje. Joniškio rajono savivaldybės plėtros potencialas sutelktas kaime. Jo darnus vystymas apspręs ir visos rajono savivaldybės būklę.

Tokiu būdu įsteigta VVG  sugebėjo apjungti NVO, vietos valdžios ir verslo atstovus integruotam kaimo problemų sprendimui ir įrodė, kad jos įsteigimas davė impulsą naujoviškam požiūriui į kaimo žmonių lūkesčių įgyvendinimą.

Valdybos nariai dažnai susitinka su VVG pirmininke aptarti su asociacijos veikla susijusių klausimų.