Iki XV amžiaus
Gyventojų krašte padaugėjo nuo II a. po Kr. Tai patvirtina pilkapių su akmenų vainikais kultūrai būdingi radiniai, aptinkami Joniškio krašte. Iš šios pilkapių kultūros IV-V a. išsiskyrė istoriniuose šaltiniuose minimos žemaičių, latgalių, sėlių ir žiemgalių gentys.
Žiemgaliai V-XIII a. gyveno ne tik Latvijos Duobelės, Jelgavos, Rygos, Bauskės rajonų, bet ir Lietuvos Pasvalio, Pakruojo, Akmenės bei Joniškio rajonų teritorijoje. Ši gentis paliko nemažai paminklų Joniškio rajone, svarbiausi jų: Jauneikių, Stungių, Lieporų kapinynai bei Žagarės Žvelgaičio, Raktuvės ir Sidabrės (dab. Kalnelio k.) piliakalniai.
XIII a. šaltiniuose, kuriuose yra pasakojama apie žiemgalių ir Livonijos ordino kovas, yra minimos ir Joniškio rajono gyvenamos vietovės: Žagarės žemė 1254 m., Žagarės pilis 1271 m., Raktės pilis 1289 m. ir Sidabrės pilis 1289-1290 m. Raktės ir Sidabrės pilių gynėjai, nesugebėdami atsilaikyti prieš žymiai stipresnį Livonijos ordiną, buvo priversti palikti savo žemes ir pasitraukti į Lietuvą.
Tyrinėtojai vis dar nesutaria ar Joniškio kraštas XIV-XV a. liko gyvenamas ar tapo negyvenama dykra.
XX amžius
Rajonas sudarytas 1950 m. birželio 20 d. iš panaikintos Joniškio apskrities 23 apylinkių ir Šiaulių apskrities 5 apylinkių. 1950-1953 m. rajonas priklausė Šiaulių sričiai. 1959 m. buvo prijungta panaikinto Žagarės rajono 7 apylinkės ir Žagarė. 1963 m. šiek tiek pakeistos rajono ribos. 1965 m. Joniškio rajono 1 apylinkė perduota Akmenės rajonui. 10-ajame dešimtmetyje suformavus Lietuvos 10 apskričių, Joniškių rajonas atiteko Šiaulių apskričiai.
Joniškio rajono plotas 1153 km2. Rajono administracinis centras Joniškis, 37 km nuo Šiaulių. Didžioji rajono dalis išsidėsčiusi pietinėje Žiemgalos žemumos dalyje, kur netoli sienos su Latvija yra žemiausia rajono vieta - 34 m. Aukščiausia rajono vieta (94 m) yra rajono pietvakariuose, Linkuvos kalvagūbryje, skiriančiame Žiemgalos žemumą nuo Ventos vidurupio ir Mūšos - Nemunėlio žemumų pakraščių.
Rajone priskaičiuojami 49 upės ir upeliai, 28 dirbtiniai vandens telkiniai, 2 ežerai. Joniškio rajone naudojamas požeminis vanduo, yra 25 vandenvietės )
Per rajoną teka Mūša, Sidabra ir Švėtė, nemažai smulkių upelių. Miškingumas 16%, daugiausia mišrūs miškai. Didžiausi - Tyrelio, Žagarės, Didmiškis.
Joniškio krašte jaučiama pietinės Latvijos ekonomikos ir etnografijos įtaka, pastebimas šio krašto gyventojų panašumas į žmones gyvenančius kaimyninės Latvijos pietuose.
Šiuo metu Lietuvos - Latvijos siena yra delimituota ir visiškai demarkuota. Esamas sienos režimas užtikrina patenkinamą laidumą ir pasienio gyventojų ryšių funkcionavimą.
Joniškio rajono šiaurine dalimi tęsiasi 68 km Lietuvos Respublikos valstybinė siena su Latvijos Respublika. Rajone yra du sienos kirtimo punktai: Kalvių ir Žagarės. Atstumas tarp šių postų apie 30 km.
Gyventojų skaičius Joniškio rajone
| 2005 01 01 | 2006 01 01 | 2007 01 01 | 2008 01 01 | 2009 01 01* | |
| Joniškio r. sav. | 31210 | 30822 | 30429 | 30123 | 29746 |
| Miesto gyventojai | 13337 | 13168 | 13057 | 12996 | 12843 |
| Joniškis | 11129 | 10999 | 10899 | 10881 | 10743 |
| Žagarė | 2208 | 2169 | 2158 | 2115 | 2100 |
| Kaimo gyventojai | 17873 | 17654 | 17372 | 17127 | 16903 |
* - išankstiniai duomenys
















